人是肠道病毒唯一宿主，患者和隐性感染者均可成为本病的传染源，患者粪便、疱疹液和呼吸道分泌物及其污染的手、毛巾、手绢、牙杯、玩具、食具、奶具、床上用品、内衣以及医疗器具等均可造成本病传播。在流行过程中隐性受染者比显性发病者多百倍以上，而且成人大多是隐性感染。患者在出现症状前数天其血液、疱疹液、鼻咽分泌物和粪便中均存在病毒，因而在潜伏期就具有传染性，通常以发病后1周内传染性最强。

手足口病的传播方式有多种，主要经粪-口和（或）呼吸道飞沫传播，亦可经接触患者皮肤、黏膜疱疹液而感染。污染的公共游泳池、医疗器械的交叉传染等也会导致感染。

人群普遍对肠道病毒易感，不同年龄阶段均可感染，以隐性感染为主。由于儿童免疫力差，手足口病的患者以5岁及以下儿童占多数，尤其以3岁以下儿童易发病。显性感染和隐性感染后均可获得特异性免疫力，但不同血清型间一般无交叉免疫作用。到目前为止，预防手足口病的疫苗在动物实验上取得了一定的成功，但是还没应用到人类手足口病的早期预防。所以保持儿童生活规律，多饮水，勤洗手，避免接触患病儿童，避免到人员密集的公共场所，居住与活动空间多通风，保持空气流通具有重要的意义。

手足口病流行无明显的地区性。一年四季均可发病，但以夏秋季为主，每年4月份各地区发病水平开始上升，冬季的发病较为少见。男性患儿多于女性，病例以散居儿童为主，特别是农村散居儿童，其次是幼托儿童和学生，该病流行期间，可发生幼儿园和托儿所集体感染和家庭聚集发病现象。肠道病毒传染性强、隐性感染比例大、传播途径复杂、传播速度快，在短时间内可造成较大范围的流行，疫情控制难度大。